馬鈴薯60S核糖體蛋白L28-1基因的生物信息學(xué)分析

作者:衛(wèi)紅萍; 馬笑笑 陽(yáng)泉師范高等??茖W(xué)校; 山西陽(yáng)泉045000; 山西師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院; 山西臨汾041000

摘要:以馬鈴薯與青枯菌互作過(guò)程中產(chǎn)生的一條EST為實(shí)驗(yàn)材料,初步推定該EST表達(dá)蛋白可能參與馬鈴薯青枯病的抗性。通過(guò)對(duì)這條上調(diào)表達(dá)的EST核酸構(gòu)成、氨基酸的構(gòu)成和該EST編碼的可能蛋白質(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步的推理剖析、序列分析,結(jié)果表明:該EST的長(zhǎng)度為601bp,其中部有429個(gè)堿基編碼了含143個(gè)氨基酸的肽段,該小肽一端是明顯的親水的,一端為顯著的疏水的,無(wú)信號(hào)肽,無(wú)二硫鍵,無(wú)膜穿透性,二級(jí)結(jié)構(gòu)中含有的無(wú)規(guī)則卷曲比較多,有多個(gè)磷酸化位點(diǎn),含保守結(jié)構(gòu)域,經(jīng)分析,與野生種潘那利番茄RPL28-1相似度最高,默示與野生種潘那利番茄RPL28-1擁有大致差不多的構(gòu)造,發(fā)揮出差不多作用。因此以上結(jié)果可以為進(jìn)一步研究該基因編碼蛋白的具體功能和在青枯菌與馬鈴薯互作過(guò)程中發(fā)揮作用。

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