泡桐叢枝病相關lncRNAs的表達和調控

作者:李文楊; 李永生; 曹亞兵; 王哲; 閆麗君; 范國強 信陽農林學院林學院; 河南信陽464000; 河南農業(yè)大學泡桐研究所; 河南鄭州450002

摘要:為揭示與泡桐叢枝病相關的長鏈非編碼RNA(lncRNA),探討其調控模式,利用高通量測序平臺Illumina HiseqTM2000對泡桐的健康苗、叢枝病苗和利福平處理的叢枝病苗進行測序,篩選出差異表達的lncRNAs和靶基因,并對靶基因進行基因本體論(GO)功能及京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集性分析。結果表明:共鑒定出的3 237個候選lncRNAs,其中PT/PTI、PT/PTIL-100和PTI/PTIL-100中差異表達并且相同的lncRNAs有147個,靶基因富集于40個GO和119條代謝通路。通過比較分析,發(fā)現(xiàn)72個lncRNAs可能與泡桐叢枝病發(fā)生相關,其靶基因主要參與的KEGG代謝途徑有磷脂酶D信號通路、Wnt信號通路、ABC轉運、糖基磷脂酰肌醇(GPI)-錨定生物合成途徑、次生代謝產物的生物合成、泛素介導的蛋白水解、玉米素生物合成、甘氨酸、絲氨酸和蘇氨酸代謝等。預測lncRNAs(TCONS_00009507、TCONS_00019521、TCONS_00012917、TCONS_00030963和TCONS_0002705)調控靶基因參與泡桐叢枝植原體與泡桐互作和影響細胞周期改變泡桐形態(tài)建成,為泡桐叢枝病發(fā)生機理的研究奠定基礎。

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森林與環(huán)境學報

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