豬丁型冠狀病毒CH/GX/1468B/2017的分離鑒定及全基因組序列分析

作者:秦毅斌; 何蘋萍; 盧冰霞; 何穎; 梁家幸; 劉磊; 段群棚; 韋嬪媛; 李斌; 陳忠偉; 周英寧; 蘇乾蓮; 蔣冬福; 盧敬專; 趙武 廣西獸醫(yī)研究所; 廣西獸醫(yī)生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 南寧530001; 廣西水產(chǎn)科學(xué)研究院; 廣西水產(chǎn)遺傳育種與健康養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 南寧530021

摘要:本研究于廣西某豬場(chǎng)采集疑似感染豬丁型冠狀病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的腹瀉仔豬小腸及其內(nèi)容物進(jìn)行病毒分離,并通過細(xì)胞病變(CPE)、RT-PCR、間接免疫熒光(IFA)和全基因序列測(cè)定分析對(duì)分離的病毒進(jìn)行鑒定。結(jié)果顯示,試驗(yàn)成功分離到1株P(guān)DCoV,命名為CH/GX/1468B/2017(簡(jiǎn)稱PDCoV 1468B)。該毒株可穩(wěn)定有效地在LLC-PK細(xì)胞生長增殖,并引起典型CPE;該毒株已在LLC-PK細(xì)胞連續(xù)傳代15代,病毒滴度隨著傳代次數(shù)的增加逐漸提高并穩(wěn)定在108.10TCID50/mL以上。該毒株全基因組序列長25 399 nt;與23個(gè)GenBank中登錄的參考毒株的全基因組序列比對(duì)顯示,核苷酸同源性為97.2%~99.4%,其中PDCoV 1468B分離毒株與Vietnam/Binh21/2015株同源性最高,為99.4%。全基因組系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示,PDCoV 1468B分離毒株屬于Ⅱ群,與東南亞國家PDCoV毒株親緣關(guān)系密切,處于同一進(jìn)化分支。綜上所述,本研究成功分離出PDCoV 1468B株并進(jìn)行了全基因序列分析,為進(jìn)一步開展PDCoV致病性等生物學(xué)特性研究及疫苗研制奠定了基礎(chǔ),同時(shí)可為PDCoV的遺傳進(jìn)化提供數(shù)據(jù)支持。

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